中科亚欧科学技术(北京)中心是上海合作组织与联合国开发计划署亚欧区重要合作单位，与联合国各成员单位、欧盟理事会、欧洲议会、瑞士联邦等建立了广泛的联系，与牛津大学、剑桥大学、伦敦帝国理工学院、英国皇家工程院、瑞典皇家工程科学院、瑞典卡罗林斯医学院、俄罗斯自然科学院、白俄罗斯国家科学院、乌兹别克斯坦科学院、哈萨克斯坦国家科学院等机构建立了友好合作关系，在促进我国与上相关国际组织和机构技术交流与合作方面起到桥梁纽带作用。